重建后的新皇岗口岸于10月12日早上6时30分正式启用。不过有小红书网民指，皇岗口岸联检大楼深圳方建筑外墙门牌大字突然遭撤换，由原本跟旧皇岗口岸相似的字体改成隶书。有网民觉得，过去的字体更有设计感和辨识度，换成隶书失去了独特性，“怀念过去独特的书法体”但亦有网民认为隶书更容易看懂。《香港01》正就此事向皇岗口岸查询中，暂未得到官方回复。

有消息人士《香港01》透露，字体更换主因是考虑到皇岗口岸作为国际性口岸的定位，官方要求重新规划兼顾“中英文结合”的大字呈现形式。

消息人士称，官方要求重新规划兼顾“中英文结合”但由于通关时程紧迫，为了“应付通关”并确保现场“有字可用”，目前临时采用了极为通用的隶书字体作为过渡

通关前新皇岗口岸沿用旧口岸的字体，只是将颜色改成白色：

通关后皇岗口岸的字体突然变成隶书：

新皇岗口岸临开通前更换招牌字体一事，在社交平台引发热议。许多网民对更换字体表示可惜，认为旧版字体有一种“历史延续的美感”，批评改动是多此一举。有网民反驳“旧字体像商场购物中心”的说法，直言“哪个商场能写出旧版那种水平？老口岸用了那么久都没问题”。

针对有人认为旧字体难认，网民质疑根本是“照顾没文化的人”，并调侃“就四个字而已还说不认识”、“这么大个建筑摆在眼前，都来到现场了难道还需要看字才知是口岸吗？”此外，也有人纠正香港属于“境外”而非“国外”，不应盲目套用“国门”的概念来否定传统字体。

另一方面，有网民则支持新版字体，认为旧版字体放在当代建筑上极为不协调。有人指出，新口岸建筑主体的线条层层叠叠，原本配上的旧字体显得过于逼仄与格格不入，而新版字体则更加简洁和谐，看起来更符合现代公共建筑的气派。