位于深圳市福田区的皇岗口岸正在重建，运输署指重建工程完成后，新皇岗口岸联检大楼在“一地两检”的安排下，本地公共运输服务车辆可以直达，免却现时乘搭皇巴接驳港深两地口岸。

除了七条巴士线有望直达新皇岗口岸外，运输署建议，现有六条以新田公共运输交汇处及落马洲管制站为终点的专线小巴线，延伸至新皇岗口岸，包括全日及通宵路线。另外，新皇岗口岸的公共运输交汇处内将分别设有的士上客和落客区。

“港方口岸区”设有公共运输交汇处

运输署向沙田区议会提交文件表示，新皇岗口岸联检大楼内的“港方口岸区”设有公共运输交汇处，本地公共运输服务车辆可直达交汇处。出境旅客可直接透过公交前往出境大堂；而入境旅客甫完成清关手续，即可乘搭公交进入香港。署方指，新安排免却现时需乘搭皇巴往返港深两地口岸的需要，更为便利省时。

运输署建议将三条现时于新田公共运输交汇处设站的专营巴士路线伸延至新皇岗口岸或在原有路线上提供特别班次服务，另建议开办四条新路线。（见另稿）

6条以新田及落马洲管制站为终点专线小巴路线伸至新皇岗口岸

至于小巴，署方指，现时在日间及通宵时段各有三条分别以新田公共运输交汇处及落马洲管制站为终点的专线小巴路线，接载乘客到达终点站后再转乘皇巴前往皇岗口岸。署方计划将全部六条路线延伸至新皇岗口岸，包括全日服务的44B（元朗(新田) – 屯门站公共运输交汇处）、44B1（元朗(新田) – 屯门码头）、78（元朗(新田) – 八乡路(近大榄隧道转车站)），以及通宵服务的N44B（落马洲管制站 – 屯门码头）、79S（落马洲管制站 – 天水围）、616S（落马洲管制站 – 旺角）。

至于的士，署方指公共运输交汇处内将分别设有上客和落客区，供市区的士、新界的士和车队的士使用。

另外，现时由中港直通巴士、跨境全日通、跨境快线营运、来往市区的短途跨境巴士服务，署方指会在新皇岗口岸继续。运输署正与营办商研究优化及加强服务，包括调整行车路线及服务范围。